まず設定として、上メニューの「組織設定→自社情報設定」にある「源泉徴収」という項目で、「源泉徴収（復興特別所得税あり） 」を選択してください。
自社情報設定で「源泉徴収」の設定を「なし」以外にすると、書類編集画面の各明細に「源泉」というチェックが表示され、明細ごとに対象かどうかを選択することができるようになります。それをチェックにすると、源泉徴収の計算対象となり、自動的に源泉徴収額が計算されます。
途中で源泉徴収の設定を変更する場合
源泉徴収の設定を変更しても、登録済みの既存案件にはその設定は反映されず、設定変更後に登録した案件に対してのみ適用されます。
そのため、書類編集画面で「源泉」のチェックが表示されるのは、設定変更した後に登録した案件のみです。